2月25～27日、本郷キャンパス・駒場Ⅰキャンパスなどで2021年度第2次学力試験が実施され、文理合わせて約8400人の受験者が合格を目指し試験に臨んだ。試験会場では飛沫拡散を防ぐ仕切りの設置など新型コロナウイルス感染拡大防止対策を実施。27日には理Ⅲ受験者対象の面接試験が行われた。25、26日には外国学校卒業学生特別選考の第2次選考のうち、小論文・学力試験も行われた。
25日には国語と数学、26日には地理歴史、理科、外国語の試験が実施された。東大によると、2日目の外国語を受験したのは、第1段階選抜に合格した8598人のうち8448人だった（第1段階選抜が実施されなかった文Ⅱの志願者、受験者を含む）。
東大は昨年2月の20年度第2次学力試験や今年1月の大学入学共通テストに続き、新型コロナウイルス感染拡大防止対策を実施。試験室では、受験者同士の距離が確保された他、飛沫拡散防止のための仕切りが設けられた。大学入学共通テストや昨年の第2次学力試験では仕切りは設置されていなかった。加えて、消毒液の設置など昨年の第2次学力試験と同様の対策も取られた。一方、1教科目と2教科目の間の休憩時間には多数の受験者グループが安田講堂前広場に集まり、談笑していた。
21年度入学試験（前期日程・外国学校卒業学生特別選考）の試験結果は3月10日正午ごろ、東大のウェブサイトおよび携帯電話サイトで発表される。本郷キャンパスでは14～16年度入試を除いて、例年合格者受験番号が掲示されていたが、本年度は新型コロナウイルスの感染を拡大させる恐れがあることから2月16日に2年連続の中止が発表されていた。また、新型コロナウイルス感染症に罹患した志願者の受験機会を確保するため、3月22、23日には追試験が実施される予定だ。
